يتكون مجلس إدارة وكالة تنمية وادي أبي رقراق من ممثلين عن الإدارة، ورؤساء المشورة المحافظات الرباط-سلا، والمجالس البلدية وغيرها من غرف الصناعة و الحرف اليدوية في نطاق الولاية الإقليمية للوكالة.
ويجتمع المجلس مرتين على الأقل في السنة (قبل 30 يونيو لوقف البيانات الموجزة من السنة المالية، وقبل 15 اكتوبر لبحث واعتماد الميزانية والبرنامج المؤقت للسنة التالية). يقرر المجلس أيضا حول إحداث أي لجنة و يحدد تشكيلتها وعملها، يمكن للمجلس أن يفوض بعض سلطاته ووظائفه لهاته الأخيرة.
يستطيع مجلس الإدارة أن يفوض صلاحيات خاصة للمدير العام للوكالة لتنظيم أعمال معينة.
يترأس الوكالة مدير عام ينفذ قرارات مجلس الإدارة واللجان المنبثقة عنه. و هو يدير الوكالة ويشتغل باسمها. و هو يدير جميع الخدمات وينسق مختلف أنشطة الوكالة.
يتكلف المدير العام ببرنامج النشاطات الفنية والمالية، ويقرر ترتيبات الميزانية وبتمويل برامج العمل، وبشراء حصص في أي شركة قد يتم إحداثها ونقل أو تمديد الحيازات المالية.
كما أنه يحدد الوضعية و الهيكل التنظيمي للموظفين، وتطوير خطة الوكالة ويحدد القوانين التي تتحكم في المناقصات.
يعتبر الرئيس التنفيذي للوكالة ممثل الوكالة إزاء الدولة أو أي إدارة عامة أو خاصة أو أي طرف ثالث، وهو مسؤول عن كل الأعمال التحفظية. وهو يمثل أيضا الوكالة أمام القانون كما يستطيع أن يرفع أي دعوى قضائية أو يباشر أي إجراء قانوني يهدف إلى حماية مصالح الوكالة ولكن ومع ذلك، ملزم بإعلام رئيس مجلس الإدارة.