L’Agence pour l’Aménagement de la Vallée du Bouregreg est administrée par un Conseil d’Administration composé de représentants de l’Administration, des présidents des Conseils Préfectoraux de Rabat-Salé, des Conseils Communaux et autres Chambres de l’Industrie et de l’Artisanat relevant de la compétence territoriale de l’Agence.
Le Conseil se réunit au moins deux fois par an (avant le 30 juin pour arrêter les états de synthèse de l’exercice clos, et avant le 15 octobre pour examiner et arrêter le budget et le programme prévisionnel de l’exercice suivant). Il décide également de la création de tout Comité dont il fixe la composition et les modalités de fonctionnement et auquel il peut déléguer une partie de ses pouvoirs et attributions.
Le Conseil d’Administration peut déléguer des pouvoirs spéciaux au Directeur Général de l’Agence pour le règlement d’affaires déterminées.
L’Agence est dirigée par un Directeur Général qui exécute les décisions du Conseil d’Administration et des comités créés par ce dernier. Il gère l’Agence et agit en son nom; il assure la gestion de l’ensemble des services et coordonne leurs activités.
Le Directeur Général arrête le programme des opérations techniques et financières, décide du budget et des modalités de financement des programmes d’activité, de la prise de participations dans toute société à créer, ainsi que la cession ou l’extension des participations financières. Il fixe le statut du personnel, élabore l’organigramme de l’Agence et définit le règlement établissant les modes de passation des marchés.
Le Directeur Général représente l’Agence vis-à-vis de l’État, de toute administration publique ou privée et de tout tiers, et fait tous actes conservatoires. Il la représente également en justice et peut intenter toute action judiciaire ayant pour objet la défense des intérêts de l’Agence mais doit, toutefois, en aviser le Président du Conseil d’Administration.